台湾人民50年的抗日斗争可歌可泣，气壮山河，牺牲者达65万之众。自1895年以来，台湾人民长达半个世纪的抗日斗争有很多精彩的故事。
著名历史学家戴逸指出的那样，“台湾同胞为反抗日本殖民统治、争取回归祖国而进行的斗争，构成了近代中国人民反抗外来侵略斗争的重要组成部分，为这段历史增添了极为光辉的一页”。

西来庵起义——台湾最大的起义
经历了漫长乙未战争后，日本终于全面接管台湾，台湾开始日治时期。准确的来说台湾人的素养构建有很大部分得益于日本。我一位在台湾的朋友曾经对我说，他前往日本后发现，在台湾和在日本除了语言外并无什么不同。台湾的人更加贴近日本的生活与那场殖民是分不开的。
1915年，台湾被日本统治20年时，台南厅人余清芳于台南市“西来庵”假借神佛的名义来宣扬其抗日行动，之后其认识了台中人罗俊及楠梓人江定，密谋组“大明慈悲国”，并以宗教方式催眠信徒，宣称日本据台20年，气数已尽，他受到王爷的神示，担任“台湾人的皇帝”，更宣称中国将派大军支援。同年5月，由于计划暴露，日本台湾总督府开始全面准备肃清这场运动。
7月9日余清芳和江定率众袭击日寇屏东甲仙埔支厅各派出所，杀死日寇30多人，转战台南，与日本人奋战达40多天，余清芳和江定从一九一五年阳历七月初开始，发动了一连串的攻击事件，烧毁许多派出所，杀死数十名日本和台湾警民。八月初，日本警察和军队反攻，双方在噍吧哖虎头山兵锋交接，余清芳等人不敌日本的机关枪和大炮，死伤惨重。日方军警随後在附近村庄，以及余清芳等人逃亡藏匿的山区进行大规模的搜捕行动，烧毁许多民房，并有一些百姓遭到报复性的杀害。到8月22日，领袖余清芳被捕，1916年4月，殖民政府透过地方人士的交涉，说服另一位领导人江定自首。江定等人於1916年9月被处以死刑，其中遭到起诉的有1,482人，而被判处死刑者高达915人，实际上被处以死刑者有135人，也有接近300人则死於监狱之中。西来庵事件终告落幕。

这是日治时期台湾人武装抗日事件中规模最大、牺牲人数最多的一次。此事件亦使台湾人民抗日运动由武装转型为社会与政治运动。
雾社事件——原住民的反抗

赛德克巴莱本质上宣扬了一种原住民至上的思维主题
日本是个现代体制的国家，他们认为土地的资源如果认定不是私人所有，就要成为公有，所以重视的是土地的使用权。而台湾的原住民没有土地所有权的观念，他们采用游耕，打猎的时候又跟着猎物跑，这样一来，在台湾的开矿等运动的促使下，原住民生活的空间日渐狭窄。
在日本人的眼中，雾社的赛德克族人无非是蕃族蛮人，化外之流。因此对于这些部落族人一方面是拉拢，一方面是轻视。赛德克族领袖莫那鲁道曾经被组织前往日本观光，他因此觉得台湾的巡警比起日本本土差劲是台湾日本巡警看不起原住民所致。
当时日本政府鼓励日本人迎娶番族女子为妻子以加深殖民，但是日本人一向贱视女性，这些原住民女子大多被随意丢弃，很多甚至沦为歌妓。加之日本人废除出草（猎头）、要求原住民废除纹面、穿着和服等行为都让莫那鲁道十分不满。
1930年10月7日上午，莫那·鲁道的儿子达拉奥结婚，居民正在聚集喝酒庆祝，恰逢日警吉村途径这里。达拉奥友好地斟满一碗酒请吉村喝。这本是当地尊敬客人的一种礼节。没想到，但素来好洁癖的日本人吉村却认为不卫生。竟用手杖将达拉奥手中的碗打掉，还挥舞手杖打人。达拉奥受此侮辱，怒不可遏，他和弟弟巴沙奥一齐冲上去，把吉村掀翻在地，狠狠地打了一顿。
第二天，日本警察以“侮辱官宪”的罪名将达拉奥拘押拷打。莫那·鲁道恐日警乘此制造事端，牵连其他人，就携带礼品亲自向吉村赔礼道歉。但吉村不依不饶，口口声声要严办他们。莫那·鲁道知道日本人决不肯善罢甘休，于是就决定领导群众发动武装起义。
1930年10月27日，是台湾神社大祭典，雾社地方照例举行一年一度的盛大运动会，日本人会全部穿上传统和服，便于和华人、山地人区分。赛德克族人认为这是起义的最好时机。第二天，赛德克族人利用运动会，升旗唱国歌为信号，冲进会场，发动总攻击，杀死日本妇孺儿童共计134人（其中两名穿着和服的汉族人也被误杀）
事件发生之后，日本人立即调动大批警察与军队，在日本正规陆军及警察的进攻之下，抗日雾社的泰雅人退守断崖绝壁，地形险要的山林洞窟与日军展开殊死搏斗。日军攻击受阻的情况下，一方面调动与泰雅族有仇的其余民族猎杀泰雅族人拿酬金；一方面动用飞机狂轰乱炸，甚至投掷糜烂性毒气弹，原住民死伤惨重。参与雾社起义的六个社总人口共计1200余人，有作战能力的壮丁仅300余人。事件致使六社644人死亡，其中290人自杀。
赛德克族人是以上吊的方法自杀的，从当时日本人所拍摄的照片可以看到，一棵树吊了很多人，以至于树枝都弯曲下垂。有的妇女为了让男子没有后顾之忧而勇敢作战，就自己先自杀，十分地悲壮。
雾社首领莫那·鲁道看到大势已去，把妻子打死，也在山洞中自杀，他的尸体没有完全腐化，有一半变成了木乃伊。
1933年他的遗骸被日本人意外寻获，日本人将其送至台北帝国大学，土俗人种研究室作为学术标本。1974年，国立台湾大学在其族人和长老强烈的要求下，莫那·鲁道的骨骸，方返还雾社的“山胞抗日起义纪念碑”下葬。
后续：
值得一提的是雾社事件并非抗日事件，至今为止台湾史学家也不认为这是台湾抗日战争的组成。因为原住民没有国家概念，他们仅仅是觉得被侮辱而反抗。这种做法其实并没有多么高大的意义。雾社事件后台湾基本上抗日的武装斗争都停止了，雾社事件也让原住民吓破了胆，10年后他们却作为日本兵为日本效力；组建了数量巨大的高砂义勇军为日军东南亚战役立下战功，甚至宁愿自己饿死而绝不偷吃军粮的“忠诚”。至今仍然有数百原住民牌位被供奉在靖国神社里。对于这些人的身份设定，至今仍然还是具有很深的争议。

日军部队——手持高砂刀的台湾高砂义勇军
在原住民看来，台湾只有汉族和原住民族群之分，我们不太有国家的观念，只有族群跟族群的观念。就像电影《赛德克·巴莱》里说的，我们清楚知道自己族群的领地在哪里，你要是跨到我领域来的话，我们一定要出草。日本殖民时代是对原住民伤害最强烈的，他们用暴力，用所谓的法律限制原住民的生活，剥夺我们的土地。直到日本人走了，‘中华民国’进来了，他们承接了日本殖民时期的制度，一直到现在。
这种错误的意思也造成的严重的后果，导致原住民文明在台湾日据后期逐渐取代了“台湾本土汉文化”思想，变成了一种“台湾本土原住民思维”。这种原住民思维逐渐开始代表整个台湾的文化。最终原住民思维将会成为台湾脱离汉文化，促成台湾独立最大的势头，这种势头在台湾二二八事件中爆发情况显著，也导致了原住民对汉族等种族的仇视意识逐渐深化，成为了驱逐外省人的本土保护主义，这种以台湾为第一优先考虑的条件，导致了深厚的文化危机。